CR400BF-S智能动车组是在CR400BF-Z智能动车组的基础上进行改进而来的型号。

随着技术的日趋成熟，既有的车载设备的体积、重量等都得以优化、小型化，并能节省出车内空间来容纳更多坐席，使载客量增加42人，其中一等座增加4个，二等座增加了38个。同时也对车体的空气动力学进行优化，例如车厢间的连接处风挡采用全包围。列车的头车头形也进行了微调。