W5S型毒品棚车是在W5型毒品棚车的基础上进行改装而来的。除了车厢内增设了押运室之外，其余结构一致。押运室设在了车辆的II位端，并设有带窗户的两侧门。由于押运室占用了一部分货运间的位置，故车厢容积有所减少。
